Od 2021 roku w Szkole dla Chłopców funkcjonuje kaplica, jako oratorium modlitewne, ustanowione dekretem biskupa Jacka Jezierskiego, Administratora Apostolskiego Archidiecezji Gdańskiej, z dnia 12 stycznia 2021 r.
Od 2022 roku w piątki o godzinie 12:00 uczniowie mogą uczestniczyć w cotygodniowej Mszy świętej. W pierwszy i trzeci piątek miesiąca mają możliwość korzystania z sakramentu pokuty i pojednania.
Szkolnym kapelanem jest ks. Fernando Valbuena, którego w posłudze duszpasterskiej wspomaga ks. Maciej Kwiecień.
